二次元ゲル電気泳動(2-DE)はプロテオーム全体を解析する一般的な方法ですが、分離能、差別効果、複雑な操作手順などの制限があります。大きなダイナミックレンジ、低存在量、疎水性タンパク質の分析に満足できる結果を得ることは困難な場合が多い。チョンらは、HPLC/質量分析を用いて、悪性前タンパク質と癌タンパク質の微分発現を比較および分析した。このタンパク質をHPLCにより分離し、収集した画分をMALDI-TOF-MSで同定し、その結果、2種類の細胞の差動発現で定量的に分析した。新しい分離技術として、多次元液体クロマトグラフィーは相対分子量と等電点の制限を有していない。異なるモードの組み合わせを通して、二次元ゲル電気泳動の差別効果を排除する。それは高いピーク容量および容易なオートメーションの特徴を有する。2次元イオン交換逆相クロマトグラフィー(2D-IEC-RPLC)は、プロテオミクス研究で最も一般的に使用される多次元液体クロマトグラフィー分離システムです。
