プロテオミクスは、遺伝子調節の動的記述、遺伝子発現のタンパク質レベルの定量的決定、疾患および薬物の生命過程への影響の同定、遺伝子発現調節機構の説明に焦点を当てています。科学として、プロテオミクス研究は当初ゼロからではなく、20年以上使用されてきたタンパク質(ペプチド)プロファイルおよび遺伝子産物マッピング技術の拡張である。ペプチドマッピングは、2次元ゲル電気泳動(2-DE)およびさらなる画像解析に依存します。そして、産物のプロファイルは、質量分析、アミノ酸組成分析など、分離後のさまざまな分析に依存します。
可変的な編集とRNA編集の存在により、多くの遺伝子が様々な異なるタンパク質を発現することができます。したがって、プロテオームの複雑さはゲノムの複雑さよりもはるかに高くなります。
種のゲノム配列全体が解読された場合、その種のプロテオームも解読されたという意味ではありません。遺伝子のタンパク質産物の特異的解析は、ゲノムレベル、転写レベルおよび翻訳レベルを包括的に改変および調節することによって決定されるべきである。