2013年現在、遺伝子組み換え食品の明確な分類はなく、実際に異なる基準に従って異なる分類を行うことができます。
遺伝子組み換え食品が標準として遺伝子組み換え源を含むかどうかに応じて、次の3つの異なるタイプに分けることができます。
(1)遺伝子組み換え食品を含まない遺伝子組換え食品は、遺伝子組換え生物由来の食品を指しますが、製品自体には遺伝子が一切含まれていません。
(2)遺伝子組み換え食品には遺伝子組み換え成分が含まれていますが、加工中に特性が変化し、遺伝子組み換え食品には移入された活性遺伝子は存在しなくなりました。
(3)遺伝子組み換え食品には、活性遺伝子成分が含まれている。人々は、このような遺伝子組み換え生物や食物を食べた後、移された遺伝子と生物の固有の遺伝子は、人体に影響を与えます。